1、生物类型不同：细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物。真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。
2、细胞结构不同：一是细胞壁的成分不同，细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。二是细胞质中的细胞器组成不同，细菌只有核糖体一种细胞器。而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器
3、细胞大小不同：原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm。真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm。
4、增殖方式不同：细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞而增殖，具有原核生物增殖的特有方式，为二。真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝进行。
5、名称组成不同：尽管在细菌和真菌的名称中都有一个菌字，但细菌的名称中一般含有球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的名称，而真菌名称中则不含有。
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